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Existen varios tipos de autoclave farmacéuticos, los más comunes son: el autoclave de desplazamiento hacia abajo, el de desplazamiento de la presión positiva y negativa, el autoclave de triple vacio o el tipo "N" conra tipo "B". También hay diferentes tipos de autoclave dependiendo de la sustancia usada, como por ejemplo el de vapor o el de oxido de etileno.